Консорциум W3C, курирующий разработку web-стандартов, предостерег от использования технологий, определенных в черновом варианте стандарта HTML5, из-за различной в степени поддержки элементов HTML5 в разных web-браузерах.

В настоящее время производители браузеров проводят активные эксперименты с HTML5, что приводит к заметным несовместимостям и к различному уровню поддержки элементов HTML5, например, в реализации поддержки тега video и Canvas 2D. Финальный вариант стандарта, в лучшем случае, будет принят через несколько лет, до этого момента не исключено внесение изменений в API. В связи с этим представители W3C считают активный переход сайтов на HTML5 преждевременным, по крайнем мере до полной стабилизации API HTML5, которое ожидается только в середине следующего года.

Остается нерешенным вопрос об интеграции в HTML5 механизмов DRM (Digital Rights Management) для борьбы с вещанием нелегального видеоконтента. Некоторые представители индустрии по производству видеоконтента отказываются использовать HTML5, если в нем не будут поддерживаться надлежащие средства защиты. В свою очередь добавление подобных средств в открытый стандарт невозможно, так как технологии DRM-защиты являются сугубо закрытыми системами. В качестве еще одного недостатка HTML5 отмечается отсутствие программ для производства интерактивного контента, которые могли бы соперничать с аналогичными инструментами для Adobe Flash.